大部分的软体动物也是通过两性结合繁殖后代的，只是它们生殖的方式各有不同，可以说是五花八门。有些软体动物，比如大部分瓣鳃纲的软体动物（扇贝、河蚌等），它们会在生殖的季节将精子或者卵子排入水中，由于每个个体排入水中的精子或者卵子数量特别多，而且时间相同，所以会有许多的精子和卵子成功结合，完成体外受精的过程。这些成功受精的受精卵就会自然分裂发育，最终长成小宝宝。有些软体动物，比如大部分腹足纲的软体动物（蜗牛、田螺等）和大部分头足纲的软体动物（章鱼、乌贼等），它们则是通过雄性和雌性的交配，雄性的精子转移到雌性的体内，和卵子结合，完成体内受精的过程。等受精卵发育成熟以后，再由雌性软体动物生出宝宝。有少数腹足纲的软体动物，比如拟黑螺，雌性的是不需要通过两性结合就可以繁殖的，这种繁殖的方式被称为孤雌生殖。

有些软体动物是雌雄同体的，比如毛皮贝，它们既能产生精子也能产生卵子，可以说是既当爹又当妈，十分有趣。