肝酶的升高（特别是丙氨酸和天门冬氨酸转氨酶，即ALT和AST）是他汀类药物的另一个不良反应。大型随机试验表明在服用他汀类药物患者中观察到剂量相关的ALT和AST水平升高的发生率与安慰剂组患者相似，低中等剂量他汀类药物对γ-谷氨酰转移酶、碱性磷酸酶或胆红素无影响或影响很小。在被批准的高剂量时，ALT和AST升高的发生率为20‰～30‰，而应用最低剂量时的发生率为1‰～2‰。

应用他汀类药物治疗的头几个月中一般发生无症状转氨酶升高，而且可逆。停用他汀类药物治疗或者减量，或者自发继续应用相同剂量他汀类药物，转氨酶均可恢复正常。此外，曾证实慢性肝病伴肝酶水平升高例如非酒精性脂肪肝（NAFLD）、原发性胆汁性肝硬化以及丙型肝炎等患者，对他汀类药物耐受性良好。

在几项有关NAFLD患者的短期研究中发现应用他汀类药物可以改善炎症，但对纤维化无影响。分别用普伐他汀和阿托伐他汀进行的两项临床研究证实了慢性肝病患者中他汀类药物的安全性和疗效。在一项纳入326例慢性肝病患者的前瞻性双盲研究中，包含了64% NAFLD和23%丙型肝炎，结果发现普伐他汀80mg可有效减低血浆LDL-C水平，与安慰剂组相比，普伐他汀组中有少据患者出现ALT升高，但差别无统计学意义（7.5%vs12.5%， P=0.13）。最近在希腊进行的一项阿托伐他汀和冠心病评价（GREACE）研究对阿托伐他汀安全性和疗效的事后分析证实阿托伐他汀治疗显著改善肝酶（ALT，AST，和γ-GT）。